La democracia mexicana corrió en paralelo a la instauración de órganos autónomos. Esto tiene su génesis en el mismo sistema político que sucede a la Revolución, en el que por razones propias de un movimiento social no había diferencia clara, como debe ser en una democracia liberal, entre Estado, gobierno y partido. La lógica del naciente régimen no era consistente con la pluralidad. Por eso el crecimiento político y electoral de la oposición significó la promoción del impulso a los órganos autónomos. También la racionalidad económica llevó a la idea de un Estado que viera con responsabilidad y al margen del interés político o partidario, tareas relevantes de la economía, las finanzas o de control del gasto gubernamental.
Hay dos grandes instituciones eje de la autonomía y que se corresponden a estas dos inercias: el Banco de México y el Instituto Nacional Electoral. Además, otros organismos descentralizados han transitado hacia la autonomía, como el Inegi, y algunos más se han ido construyendo en el camino. La desconcentración del poder es lo que ha llevado al Estado Mexicano a crear instituciones para la funcionalidad de la economía, de la administración y de la democracia. Entre los órganos autónomos destacan la Comisión Nacional Bancaria y de Valores (CNBV); el Instituto Federal de Telecomunicaciones (Ifetel); la Comisión Federal de Competencia Económica (Cofece); el Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales; el Instituto Nacional de Evaluación Educativa y la Comisión Nacional de Derechos Humanos; así como la Comisión Reguladora de Energía y la Comisión Nacional de Hidrocarburos.
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