La piedra fundacional del pacto político de 1996 fue la autonomía del Instituto Federal Electoral. El IFE había nacido cinco años antes como órgano desconcentrado presidido por el secretario de Gobernación y con un director nombrado por el presidente de la República, pero con una estructura administrativa profesional, reclutada a través de concurso y con criterios de promoción y permanencia basados en la evaluación del desempeño. Ese solo hecho había ya comenzado a cambiar la dinámica de los procesos electorales en México, y había sentado las bases para que el cómputo de los votos no fuera objeto de manipulación y supercherías.
Los funcionarios del IFE primigenio no eran ángeles impolutos. La mayoría de ellos provenían de la administración pública clientelista del régimen del PRI; sin embargo, las reglas de ingreso, promoción y permanencia les daban autonomía respecto a los dictados políticos y, si bien buena parte de ellos actuaban de acuerdo a una manera tradicional de hacer las cosas, donde la disciplina y la lealtad eran preponderantes, gradualmente sus incentivos se fueron alineando con la necesidad nacional de contar con elecciones creíbles, que redujeran el conflicto y atemperaran el encono político.
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